Perjanjian Memulihkan Hubungan antara Malaysia dan Republik Indonesia – Agreement to normalise relation between Malaysia and Republic ofIndonesia yang ada dalam simpanan Arkib Negara Malaysia merupakan satu bukti kukuh yang menunjukkan bahawa sesuatu persengketaan atau ketegangan yang wujud antara dua negara jiran boleh diselesaikan di meja rundingan.
Pada tahun 1963, terlakar satu sejarah hitam antara Malaysia dan Indonesia, dua negara jiran yang dianggap seperti saudara kembar. Ia tercetus kesan dari salah faham yang seterusnya menimbulkan rasa curiga dalam kalangan rakyat Indonesia sehingga membawa kepada terputusnya hubungan diplomatik antara kedua negara. Penubuhan Malaysia yang membawa Singapura, Sabah dan Sarawak ke dalam Malaysia, tidak disenangi oleh Indonesia dan Filipina. Indonesia menganggap gagasan Malaysia sebagai satu unsur penjajahan baru di rantau ini. Di pihak Filipina pula tentangan diberikan atas alasan bahawa Sabah adalah miliknya.
Pada 18 September 1963, Kabinet Malaysia dalam mesyuarat tergempar telah mengambil keputusan untuk memutuskan hubungan diplomatik dengan Indonesia dan Filipina. Duta Malaysia di Jakarta, Dato' Haji Kamaruddin serta pegawai-pegawai kedutaan Malaysia dan duta Malaysia di Manila, Encik Zaiton Ibrahim telah dipanggil balik. Konsulat Malaysia di Medan juga turut ditutup. Dalam kenyataan Tunku, tindakan ini terpaksa diambil kerana Indonesia telah memutuskan hubungan diplomatik dengan Malaysia tanpa sebab yang nyata. Bagi Malaysia, peristiwa ini sebagai ujian getir yang perlu dihadapi dan ditangani bersama oleh seluruh rakyat Malaysia
Di sepanjang konfrontasi, serangan demi serangan dilancarkan oleh gerila Indonesia di sempadan Borneo Utara dan Sarawak, termasuk pencerobohan dan pendaratan askar payung terjun Indonesia di beberapa tempat di Johor. Namun Malaysia tidak membalasnya secara kekerasan sebaliknya mengambil sikap defensif.
Hasil permuafakatan dan kebijaksanaan pemimpin kedua negara, akhirnya dapat membendung persengketaan ini dari terus berlarutan. Beberapa siri perbincangan sulit telah diadakan oleh pemimpin kedua negara. Perbincangan sulit yang pertama di adakan di Bangkok pada 23 – 24 April 1966 di antara Ghazali Shafie (Malaysia) dan Mejar Jeneral Ali Moetopo (Indonesia). Ini disusuli dengan perbincangan kedua antara Ghazali Shafie dan Adam Malik pada 30 April 1966, juga diadakan di Bangkok. Bagi menegaskan lagi pendirian Jakarta untuk berdamai, satu misi muhibah dari Jakarta yang terdiri dari 20 orang pegawai tentera telah tiba di Kuala Lumpur pada 27 Mei 1966.
