Rumah Merdeka telah diambil alih oleh Akib Negara Malaysia pada tahun 2003 dan pihak Arkib Negara Malaysia telah mengambil daya usaha untuk membaikpulih dan memuliharanya sebagaimana asal ketika didiami oleh Almarhum Tunku.

Keistimewaan utama pameran Rumah Merdeka adalah susunatur rumah ini sendiri. Susunatur yang diapmerkan adalah susunatur asal ketika itu disamping sedikit penambahan bagi disesuaikan dengan konsep pameran yang ingin dipersembahkan kepada orang ramai. Pemeran Rumah Merdeka juga dilengkapkan lagi dengan pemasangan audio-visual  yang memberi lebih informasi kepada pelawat.

Pada asalnya, tapak rumah ini pernah dimiliki oleh Che Manjalara, bonda YTM Tunku Abdul Rahman Putra yang dimasyurkan sebagai Bapa Kemerdekaan dan Bapa Malaysia. Tanah ini kemudiannya dihadiahkan kepada Tunku. Semasa Pendudukan Jepun iaitu pada tahun 1942 Tunku telah membina sebuah rumah papan di atas tanah ini. Rumah papan ini dikenali sebagai Rumah Jalan Baru. Pada tahun 1953, Tunku telah menyediakan satu tapak baru untuk kediaman beliau di mana Tunku telah mengangkat Rumah Papan yang dikenali sebagai Rumah Jalan Baru berkenaan menjadi tingkat atas rumah baru tersebut.

Pada tahun 1954, rumah ini telah dinamakan sebagai Rumah Merdeka oleh Tunku atas nasihat sahabat – sahabatnya seperti En Senu Abdul Rahman, En Mohd. Khir Johari dan Tan Cheng Lock. Kos membina Rumah Merdeka ini dianggar sebanyak RM 20,000. Pada Pilihanraya Umum 1955, 1959, 1964 dan 1969, rumah ini menjadi tempat untuk Tunku merancang starategi politik. Selain itu Tunku banyak menghabiskan masa lapangnya untuk melakukan aktiviti penulisannya. Antaranya Tunku telah menyiapkan skrip filem Raja Bersiong dan Mahsuri.

Pada 27 Mei 1966, "Misi Muhibbah" dari Jakarta yang terdiri dari 20 orang pegawai tentera diketuai oleh Laksamana Muda Laut O.B Sjaaf telah berunding dengan Tunku di rumah ini mengenai isu Konfrontasi. Usaha penamatan Konfrontasi Malaysia - Indonesia pada 7 Jun 1966 di mana Malaysia diwakili oleh Tun Razak Hussein dan Indonesia Adam Malik.